기타 부가가치세 환급액을 종합소득세 추가납부액으로 충당할 경우 납부지연가산세 적용 여부
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Q. 세법의 개정으로 인해 2020년 귀속부터 부가세 면세가 적용된 사업에 대해, 개정내용을 인지하지 못하고 부가세를 납부해 왔습니다. 이에 2020~2022년 귀속 부가가치세 경정청구 및 종합소득세 수정신고를 진행하려고 하는데요, 부가세 환급액만큼 종합소득금액이 커져 종합소득세는 추가납부세액이 발생하게 되었습니다.
부가세 환급액이 더 크기 때문에 종합소득세 추납액을 충당(상계)신청할 예정인데, 이 경우 종합소득세 추납세액에 납부지연가산세를 적용하지 않아도 되는지 궁금합니다. 즉, 동일한 납세자가 이미 납부한 세액이 있는 경우, 세목에 관계없이 기납부세액으로 인정되는 것인지 궁금합니다.
A. 유사 해석사례에 따라, 종합소득세 납부지연가산세 계산 시 기 납부한 부가가치세를 종합소득세 기부세액으로 보아 계산하여야 할 것으로 사료됩니다. 따라서, 기 납부한 부가가치세가 수정신고에 따른 종합소득세 추가 납부세액보다 큰 경우에는 종합소득세 수정신고에 따른 납부지연가산세는 적용되지 아니할 것으로 사료됩니다.
관련규정 : 국세기본법 제47조의4[납부지연가산세]
* 조심2021부5920, 2022.12.06
법인으로 보는 단체로 승인받은 청구법인 법인세 신고의무가 있음에도 불구하고 양도소득세를 신고하였으므로, 신고불성실가산세 부과처분은 잘못이 없으나, 먼저 납부한 양도소득세를 법인세의 기납부세액으로 보아 납부지연가산세를 산정하는 것이 타당함
* 조세정책과-699, 2014.09.26
양도소득세 감면을 추가로 인정하는 과세관청의 경정결정으로 인하여 양도소득세는 일부 환급되고 농어촌특별세는 추가 고지되는 경우, 양도소득세 환급세액은 농어촌특별세의 납부불성실가산세 계산 시 기납부세액으로 공제되는 것임
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