개인이 사업용 또는 부동산임대업 등에 사용하던 토지, 건물 등 양도소득세 과세대상 자산을 양도하는 경우 그 처분손익은 개인사업자의 사업소득에 포함하지 아니하고, 별도로 양도소득세를 신고 및 납부하여야 한다(단, 복식부기의무자의 부동산을 제외한 사업용 유형고정자산 처분손익은 사업소득에 포함됨), 반면 법인은 사업에 사용하던 토지, 건물 등을 양도하는 경우 발생하는 처분손익은 법인의 각사업연도 소득금액에 포함하게 되므로 양도소득세 신고 및 납부대상이 아니다(다만, 비사업용토지 등에 대해서는 법인세 추가 부담) 

한편, 개인사업자는 사업에 사용한 건물에 대하여 매년 건물의 가치 감소분을 감가상각비로 계상하여 사업소득의 필요경비에 산입할 수 있다. 이 경우 감가상각비로 사업소득의 필요경비에 산입한 금액은 양도소득세 신고시 취득가액에서 차감하여야 함에도 불구하고 세법을 잘못 이해하여 취득가액에서 차감하지 않은 경우 사업소득의 감가상각비로 계상한 금액을 양도소득 필요경비에서 부인하여 과소납부한 양도소득세를 추징하게 되므로 특별히 주의하여야 한다(소득세법 제97조의3)

이는 사업소득에서 감가상각비로 필요경비 인정받은 경우 양도소득으로 이중 필요경비로 공제되는 것을 방지하기 위해 취득가액에서 제외하는 것이다.