Q. 지자체 소속 문화회관에서 카페테리아를 임대 운영하고 있습니다. 작년 카페테리아 임대료(사용료) 3천여만 원을 임차인에게 부과하였고 이에 대한 부가가치세 10%를 납부한 바 있습니다.그런데 올해 ‘공유재산 및 물품 관리법과 시행령’이 개정되어 사용료에 대한 일부 감면(약 800만원)이 이루어졌습니다. 이 경우 임차인이 지불한 부가가치세 일부(감면된 800여만원에 대한 부가가치세)에 대한 반환이 가능한지, 그 방법이 궁금합니다.

A. 귀 질의의 경우, 당초 확정된 공급가액이 계약의 해지 등에 따라 공급가액이 변경된 때에는 부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제3호에 따라 수정세금계산서를 발급하여 그 변경된 때가 속하는 과세기간의 부가가치세 신고시 포함하여 신고합니다.수정세금계산서 발급은 그 변경한 날을 작성일로 적고 차감되는 금액을 음(-)의 표시를 하여 그 변경한 날이 속하는 달의 다음달 10일까지 발급하면 됩니다.

홈택스에 수정세금계산서를 발급하고자 하는 경우에는 [홈택스 로그인 > 조회/발급 > 전자(세금)계산서 > 발급 > 수정발급 > 당초 발급분 선택 > 수정사유 선택 : 공급가액변동 > 공급가액 ‘감소‘ 선택]에서 작성일자는 변동된 날로 하고 공급가액에 음(-)의 표시로 작성하여 발급합니다.

관련규정 : 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】, 동법 시행령 제70조 【수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차】