Q.당사 직원이 회사 차원에서 연말정산을 하지 않고 본인 스스로 5월에 종합소득세 신고를 한다고 합니다. 즉, 매월 급여에서 소득세 원천징수는 하고 있으나 연말정산 시기에는 서류제출을 하지 않는 등 연말정산을 원하지 않는 경우, 회사에서는 어떻게 처리하면 되는지 궁금합니다.

A.소득세법 제137조에 따라 연말정산을 할 때 해당 근로소득자가 종합소득공제 및 세액공제를 적용받으려는 경우에는, 해당 과세기간의 다음 연도 2월분의 근로소득을 받기 전에 원천징수의무자에게 해당 공제 사유를 표시하는 신고서를 제출하여야 합니다.

따라서, 질의와 같이 근로자가 회사 연말정산 시기에 소득세액공제 받을 서류를 제출하지 않아 연말정산을 원하지 않는 경우에는 기본공제, 표준세액공제 등만 적용하여 소득세 세액정산하여 사업장 관할세무서에 제출하시면 되며, 이 경우 근로자가 소득세액공제 서류를 제출하지 않아 연말정산을 원하지 않는 경우라도 기본공제, 표준세액공제 등을 적용하여 소득세 세액정산은 하여야 하여 관할세무서에 근로소득지급명세서를 3월 10일까지 제출하여야 합니다.

한편, 근로자는 회사 연말정산 기간에 소득세액공제 서류를 제출하지 않아 공제받지 못한 항목에 대하여 5월 1일~31일 사이의 종합소득세 신고기한에 근로자의 주소지 관할세무서에 소득세액공제 서류를 제출하여 연말정산을 신청할 수 있습니다.

관련규정 : 소득세법 제137조 【근로소득세액의 연말정산】, 제140조 【근로소득자의 소득공제 등 신고】