Q. 당사의 사업장은 서울본사와 부산지점으로 이루어져 있습니다. 부산지점은 영업사무소 성격이어서 사업자등록을 따로 하지 않았고, 지점에는 1~3명 정도의 소수 인원만 근무하고 있으며, 지점의 인사나 회계는 전체를 서울본사에서 관리하고 있습니다. 국세인 법인세의 경우 통합하여 서울에서 신고·납부하며, 지방소득세(법인소득분)의 경우 서울과 부산에 따로 납부하고 있습니다. 한편, 매월 발생하고 있는 근로소득세와 지방소득세 특별징수분 모두 서울에 납부하고 있습니다. 이 경우 근로소득에 대한 지방소득세 특별징수분을 모두 서울에 납부하였던 것을 서울본사와 부산지점으로 구분하여 납부하여야 하는지 궁금합니다. 그리고 과거 서울로 합산하여 납부하였던 것을 어떻게 처리하면 좋을지 문의 드립니다.

A. 근로소득에 대해 특별징수하는 지방소득세의 납세지는 해당 납세의무자의 근무지 지자체이므로, 귀 질의의 경우 서울본사와 부산지점으로 구분하여 납세지별로 납부하여야 하는 것으로 판단됩니다. 이 경우 종전에 잘못하여 과다납부한 지자체에 대하여는 환급청구를 하여야 하고, 과소납부 또는 무납부한 지자체에 대하여는 납부하여야 합니다(가산세 한도가 있음).

관련규정 : 지방세법 제89조[납세지 등], 젲103조의13[특별징수의무]