Q. 현재 거주 중인 1주택과, 임대주택 2주택의 총 3주택을 보유 중입니다. 임대주택의 경우 장기일반민간(준공공) 임대주택업자로 2020년 3월경에 등록하였습니다. 2020년 5월에 당시 실거주 중이던 A주택을 양도하고 현재의 주택을 취득하였습니다. 당시 A주택을 양도하면서 준공공 임대사업자의 혜택 중 양도세 100% 감면 1회 혜택을 적용하였습니다. 하지만 양도세 100% 감면혜택이 평생 1회밖에 기회가 없는 것을 미처 확인하지 못하고 너무 일찍 써버리는 바람에, 혹시 작년에 납부한 양도세 감면혜택 적용을 취소하고 지금이라도 양도세를 납부할 수 있는지 궁금합니다.

A. 귀 상담의 경우 소득세법 시행령 제155조 제20항에 따른 장기임대주택사업자의 거주주택 비과세 규정은 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에만 적용됩니다. 다만, 최초가 아니더라도 2019. 2. 11. 이전에 취득한 주택이 거주주택인 경우에는 적용이 가능하며, 2019. 2. 12. 당시 거주하고 있는 주택과 2019. 2. 11. 이전에 거주주택을 취득하기 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우에도 적용이 가능합니다. 하지만, 관련 규정을 갖추어 양도한 최초의 거주주택을 양도소득세 비과세를 적용받지 아니하고 이후에 거주주택을 납세자가 선택하여 양도소득세 비과세를 적용받을 수는 없는 것으로 판단됩니다.

관련규정 : 소득세법 제89조[비과세 양도소득], 동법 시행령 제155조[1세대1주택의 특례]제20항